先要询问病史，并且结合病人的症状和实验室检查结果才能做出正确。由于非淋菌性尿道炎症状有时不太明显，有些条件差的医疗机构不能进行病原体检测，所以对非淋菌性尿道炎的诊断仍需谨慎。
下面有三条标准对于非淋菌性尿道炎的诊断很重要：

1、有不洁性交史或配偶是性病患者。

2、临床检查有尿道水红肿和有粘液分泌物或有时有少量分泌物。病人在排尿时有尿道刺痒、尿急、尿频等症状。

3、尿道分泌物直接涂片检查及细菌培养均无淋球菌可见，而查有衣沙眼衣原体或解脲支原体等。

如果具备上述三个条件，基本上就可诊断为非淋菌性尿道炎，并进行合理的治疗。在缺乏化验条件的基层医疗单位不能强求实验室检查。